1545年（天文14年）春天，該地區流行天花，雖然後來慢慢停止，但由於在這座神社祈禱的護身符的功效，受到了老百姓的崇拜。 。然而，在天正時代（約400年前）的動亂中，神社建築被大火燒毀。此後，三谷之所內部發生了各種紛爭，但透過將莊園內供奉的神靈集中供奉，莊園得以統一，紛爭平息，並在現址上建造了神社建築，作為莊園的正殿。這就是今天種川神社的由來。春天，這裡約有 100 棵櫻花樹盛開，成為家庭遊客的熱門景點。