據說其起源於延歷六年（787年），當時關武天皇在長岡京以南的地區建造了郊外神社（越志壇），供奉其父親古仁天皇。據說這是根據中國皇帝的例子，每年冬至在首都南部建立天壇以供奉皇帝。本殿為一劍舍式建築，於鎌倉時代化成四年（1238年）和室町時代大永八年（1401年）進行了修復。外觀保留了鎌倉時代的風格，有青蛙等精美的雕刻，與隔壁的附屬神社八幡神社的主殿一起，都是國家的重要文化遺產。貴船神社位於交野天神社參拜殿的後方，石階上方，是貴船神社的附屬神社，據說是葛葉宮的遺址，由慶泰天皇於 6 世紀左右建造。