室町時代的布南時代（1444年-1448年），這一地區已經有一座巨大的天台宗寺廟「赤川寺」（關泉寺）。境內有一座供奉大津日吉大社神靈的神社，被稱為「三王宮」。在隨後的大阪夏季之圍期間，赤川寺被大火燒毀，但神社倖存下來並被供奉為附近的守護神。明治元年改名為「日吉神社」。 1889年，因淀川擴建工程，寺院北部被徵用，正殿向南移動200公尺至現址。七月的夏季祭典會舉辦祭典、渡行、神樂、舞獅等活動。